끄적끄적 연습장 끄적끄적 연습장

실험하는데 있어서 원하는 gene을 과발현 시켜서 해당 상황에서의 반응을 보는 것이 필요할 때가 있다. 이때 해당 gene을 과발현 시키기 위해서는 transfection이라는 과정을 주로 사용한다(바이러스를 사용하면 transduction이라고 함). Transfection을 할 때는 liposome을 형성하여 세포에게 전달하는 방법(lipofection) 전기적 자극(electroporation)을 통해 전달하게 된다. 일반적으로 가성비가 좋은 liposome 형성 기전을 채택하는데, 이 방법들 외에도 다른 다양한 방법들이 있다. 해당 liposome에는 plasmid라는 유전 물질이 들어가고 해당 plasmid에는 우리가 원하는 유전자를 넣어 준다. 이때 우리가 원하는 유전자 서열을 vector에 ..

Westernblot 1. 샘플 개수에 맞춰 glass plate를 준비한다. 이때 long plate의 두께와 loading volume 등을 고려하여 comb을 준비해준다. 이는 사용하는 재료들의 제작 회사들에 따르니 insert를 보고 참고 하시길.. 2. n% seperating gel mixture를 만들어서 7.5mL를 glass plate 안에 넣어준다. 나는 보통 1개면 10mL, 2개면 20mL, 3개면 25mL, 4개면 35mL 만들어준다. 그냥 여러 개 만들었을 때 최대한 아낄 수 있고 모자라지 않을 정도로 만들어준다.그리고 TEMED를 넣어주는데 이는 촉매 역할을 하는 물질로, 너무 많이 넣어주면 굳는 속도가 빨라져서 좋지 않다. 이는 gel이 전체적으로 굳는 속도가 달라져서 밀도가..

Co-IP(immunoprecipitation) Co-IP의 목적Co-IP는 분자생물학적으로 단백질들 간의 상호작용을 보기 위해서 진행하는 실험 기법으로, 어떤 단백질 A가 있을 때 해당 단백질과 붙어 있는 다른 단백질에는 어떤 것들이 있는지 확인하기 위함이다. 즉, 단백질 A에 대해서 항체를 이용해 pulling 하게 되면 상호작용을 하고 있는 다른 단백질들이 같이 끌려나오게 된다. 이를 통해서 단백질들 간의 상호작용을 확인할 수 있으며, binding 세기를 상대적으로 비교할 수 있다. 과정은 다음과 같다. 1. Harvest1) Westernblot 시 RIPA 및 detergent가 함유된 lysis buffer는 사용 금지(안에 들어 있는 SDS가 protein 간의 interaction을 끊을..

명색이 바이오/제약 관련 대학원 생인데...바이오 글이 너무 없다. 이에 한 번 정리해서 쭉 정리해보고자 한다. 실험 관련된 프로토콜관련된 잡기(雜技)핫한 바이오 인포마틱스(는 내가 잘 못해서 Chat GPT 혼내는 과정을 보여주려고 함, 지피티만 있으면 개발자 하나도 안 부럽다고~)실험 일상 등등등...다양하게 한 번 써보려고 한다. 이제 곧 새로운 인턴들도 들어오고 하니깐 나도 공부할 겸 해서...인턴들이 이 글을 찾을지는 모르겠지만... 본다면 모른척 해줘....그냥 내가 올린 프로토콜들 보고 공부 열심히 해...!

*Cell을 녹일 때는 세포를 최대한 빨리 녹이는 것이 중요하다. 이는 세포가 천천히 녹게 되면 원래 기존 세포 활동을 하는데 지장이 있고 또 세포가 파괴되기 때문이다. 이는 물의 특성 때문인데 -20℃에서 0℃ 사이에서 얼음 결정이 형성되기 때문이다. 이 온도 사이에서는 물이 얼고 얼음이 녹고 하는 것이 동시다발적으로 일어나기에 최대한 이 온도 범위를 벗어나게 하는 것이 중요하다. 그러므로 water bath에 cryotube를 담거서 얼음이 완전히 녹고 또 온도 자체가 37℃가 되도록 하는 것이 중요하다.1. Liquid nitrogen tank에서 cell stock을 꺼낸 후 water bath로 최대한 빨리 옮겨주고 녹인다.2. 완전히 녹고 따뜻하게 된 cell이 든 tube에 media 4ml..

*Stock은 나중에 비상 시(세포가 갑자기 나 죽을게~~ 시전 또는 박테리아가 원치 않았지만 들어와서 자리잡고 신나게 놀고 있는 현상을 포착했을 때, 또는 ‘누군가’의 압박에 의해 신속한 실험을 진행해야 할 때) 바로 꺼내서 안정화되고 나서부터(최소 12시간) 쓸 수 있게 된다. 따라서 cell stock은 최소 4개 최대 10개 정도 상태가 좋을 때 만들어 놓자.1. 앞에서 culture하는 것처럼 T/E까지 치는 것은 동일하다.2. 이후 cell을 complete media 3ml~5ml를 활용해 15ml conical tube로 옮겨준다. 이후 centrifugation으로 세포를 down 시킨다. 이때 기계가 돌아가고 있을 때, 미리 freezing media를 만들어준다. 이는 Cryobial..

*세포를 잘 키우려면 일단 아침 저녁으로 확인 후 이상이 있다면 그 즉시 대처하는 것에서부터 시작해야 한다.*매일마다 media를 교체해주는 것이 마냥 좋지만은 않다. 세포들이 자라면서 분비하는 signaling molecules(cytokine, chemokine)이 세포들이 자라는데 필요하기 때문이다. 따라서 media의 색이 변해간다 싶을 때 교체해주는 것이 좋다(media에는 phenol계 지시약들이 들어 있다. 그래서 불그스름한 색을 띈다. 또 앞서 언급한 것처럼 media에 다양한 단백질들이 섞이게 된다. Media 자체의 단백질과 FBS에 들어있던 것 등 외부 물질이 섞일 수도 있다. 그렇기에 PCR 시 높은 purity를 위해서, Westerblot 시 보다 깔끔한 band를 위해서 sam..